Negi Springfield, 10 ans, a été envoyé au Japon, pour terminer sa formation de maître magicien, où il devrait enseigner l'anglais pendant trois mois. Il s'avère que l'école où il doit désormais travailler, le lycée Mahora, est une école pour fille. Après avoir fait la connaissance de Asuna Kagurazaka et Konoka Konoe (la fille du principal), deux de ses futures élèves, ainsi que le professeur Takahata (dont Asuna est secrètement amoureuse), Negi va voir le directeur du lycée, qui lui donne donc la mission de s'occuper d'une classe de 31 jeunes filles de première année, le temps d'un trimestre.
Il fait aussi connaissance avec la plantureuse conseillère d'éduction, Mlle Shizuna, qui l'aidera dans ses premiers pas de professeur. En entrant à son premier cours, il est victime d'une série de farces que les élèves ont préparé, où il fait semblant de se faire avoir, mais éveillant tout de même des doûtes chez Asuna. Passé l'étonnement d'apprendre que ce petit garçon sera leur professeur, les filles se précipitent sur lui, le trouvant absolument mignon et craquant. Mais Asuna s'en prend encore à lui, c'est alors qu'intervient la délégué de classe qui se dispute avec Asuna et semble être au courant de l'amour secret qu'elle porte à Takahata Sensei.
La suite du cours se déroule dans une confusion totale, les deux jeune filles ne cessant de se disputer. A la fin du cours, Negi doit user de ses pouvoirs pour rattraper l'élève n°27, Nodoka Miyazaki, qui tombe dans les escaliers. Malheureusement Asuna voit la scène et se précipite sur lui pour avoir quelques explications. Negi est découvert, mais il décide d'utiliser la magie pour effacer la mémoire d'Asuna. Mais à la place, tous les vêtement de l'élève sont déchirés, et c'est à ce moment là que le professeur Takahata surgit d'un buisson et voit une nouvelle fois Asuna quasiment nue.
Par la suite, Asuna dépitée demande si Negi pour se faire pardonner, pourrait faire un filtre d'amour, mais celui-ci n'ayant pas le niveau necessaire, lui propose de lire dans les pensée du professeur Takahata. Et c'est pendant la petite fête surprise de bienvenue que le jeune professeur va opérer. Mais en plus d'une discrétion plus que douteuse, les révélations sont assez dures pour la jeune fille, puisque Takahata Sensei ne pense qu'à Asuna avec sa culotte ourson et sans sa culotte...
Asuna fuit de la fête en courant, suivi par Negi, qui lui explique que la meilleur manière de parvenir à ses fins est d'avoir du courage. Asuna reprend espoir, et demande si elle peut s'entraîner à faire une déclaration d'amour, avec lui. Negi accepte, et devient troublé quand la jeune fille fait sa fausse déclaration. Asuna se moque de lui, et c'est à cet instant que le reste de la classe arrive, la délégué en tête, et les surprend, ce qui mène à une nouvelle dispute entre les deux filles...
Le soir, Negi rentre avec Konoka et Asuna, cette dernière remontantalors le moral de Negi, ce qui le pousse à modifier positivement les commentaires qu'il avait fait sur elle dans son registre des élèves.